Необходимо отметить, что постоянные виртуальные соединения после их установления в дальнейшем никогда не прерываются. Временные виртуальные соединения формируются после получения NTP-сообщения и с последующем прерываются, либо по истечении тайм-аута, либо при возникновении ошибки или сбоя.
В телефонной индустрии точность каждого сервера определяется номером «слоем» (числом), при этом самый верхний уровень (первичные серверы) обозначается единицей, а каждый последующий (вниз) уровень (вторичные серверы) в иерархии обозначается числом, которое на единицу больше, по сравнению с предшествующим уровнем. Так как номер «слоя» увеличивается, начиная с единицы, достигнутая при однократном запросе точность времени будет ухудшаться в зависимости от соответствующего маршрута обмена данными и стабильности системных часов. Усреднённые ошибки измерений, вызванные различными расстояниями синхронизации, возрастают пропорционально номеру «слоя» и измеренной задержке петлевого маршрута (roundtrip delay).
На практике, топология подсети синхронизации должна быть такой, чтобы исключить петлевые маршруты и минимизировать расстояния синхронизации. Используемый в NTP-протоколе алгоритм селекции основан одном из вариантов алгоритма распределенной маршрутизации Беллмана-Форда (BellmanFord), предназначенного для расчета связывающих деревьев с минимальными весовыми коэффициентами, которые своими «корнями» замыкаются на первичные серверы. Результатом такого подхода является то, что подсеть перенастраивается автоматически в иерархическую структуру (с ведущими и ведомыми серверами) с целью обеспечения максимально возможных точности и надежности времени, даже когда один или несколько первичных или вторичных серверов или сетевых маршрутов между ними не функционируют по причине сбоя.